Takeru Tenkūji, cuyo padre era un cazafantasmas que murió hace 10 años, muere a manos de un monstruo diabólico llamado Ganma (眼魔?) cuando intena proteger de su ataque a su amiga Akari Tsukimura. Un misterioso ermitaño trae de vuelta a la vida a Takeru y le entrega el cinturón de transformación Ghost Driver y unas Eyecons (眼魂（アイコン） Aikon?). El ermitaño le dice a Takeru que tiene 99 días para reunir las 15 Eyecons que faltan para volver a la vida permanentemente, y que debe luchar contra Ganma como Kamen Rider Ghost para obtenerlas. Le ayuda el sacerdote shinto Onari, que en el pasado ayudó a su padre como cazafantasmas, así como Akari, amiga de Takeru desde la infancia, que siempre busca razones más científicas para sus encuentros sobrenaturales. En su camino están Makoto Fukami, otro joven con un Ghost Driver que se puede transformar en Kamen Rider Specter (仮面ライダースペクター Kamen Raidā Supekutā?), y los Ganma liderados por Aran y su misterioso benefactor.